La première université eut lieu lors de l’été 1979, sous le nom d’Université d’Eté Homosexuelle (UEH), à l’initiative du Groupe de Libération Homosexuelle (GLH) de Marseille avec l’appui du maire de la ville Gaston Defferre.
Elle rassembla 400 militantEs, et c’est à cette occasion que fut créé le Comité d’Urgence Anti-Répression Homosexuelle (CUARH). Le GLH de Marseille organisera trois sessions des U.E.H. en 1979, 1981 et 1983.
En 1999, après une longue interruption due à l’hécatombe de la pandémie du SIDA, l’initiative fut relancée sous le nouveau nom de Universités d’Eté Euroméditerranéennes des Homosexualités par un collectif fondé en association.
En 2003 la semaine fut raccourcie à un week-end pour faire des assises et définir de nouvelles bases plus portées sur l’autogestion et le féminisme. Il sera rajouté un sous-titre à UEEH, rencontres Lesbigaytransqueers, signifiant la non mixité des participantEs.
Depuis, les UEEH s’appliquent à fonctionner dans la gestion collective et l’échange de savoirs, plaçant l’horizontalité et la non hiérarchisation des savoirs et des pouvoirs au centre du projet.